EFEKTIVITAS METODE EKSTRAKSI DNA YANG DIISOLASI DARI SAMPEL SUSU KAMBING SEGAR TERHADAP MUTU DNA YANG DIHASILKAN

Abstrak

Bakteri patogen merupakan temuan yang paling sering terdeteksi dan menyumbang jumlah kasus penyakit bawaan pangan yang tinggi. Sebagai proses kontrol dan evaluasi, sampel pangan seringkali dianalisis cemaran bahaya mikrobiologinya melalui metode analisis molekuler dengan cara mendeteksi DNA patogen dalam sampel. Efisiensi metode molekuler sangat dipengaruhi oleh kualitas DNA yang diujikan. Keberhasilan proses ekstraksi DNA pada sampel pangan sangat bervariasi dan keberhasilannya dipengaruhi oleh karakteristik matriks pangan yang menjadi sampel identifikasi. Salah satu metode yang seringkali diujikan adalah metode fenol klorofom isoamil alkohol atau dikenal dengan metode PCI. Penelitian ini bertujuan untuk menguji efektivitas metode esktraksi DNA genom dengan PCI yang diterapkan pada sampel susu kambing segar. Evaluasi proses ekstraksi DNA dilakukan pada 6 sampel susu kambing dengan 3 kali pengulangan proses pengujian mutu sehingga dihasilkan 18 data hasil kemurnian dan konsentrasi DNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa nilai konsentrasi DNA genom yang dihasilkan berkisar antara 105,8  - 250,6 ng/ml serta nilai kemurnian DNA yang dibaca pada  rasio A260/A280 berkisar antara 1,97 – 2,04 dan pada rasio A260/A230 berkisar antara 1,34 – 1,64. Nilai tersebut cukup baik karena pembacaan A260/280 yang dihasilkan dari proses ekstraksi DNA telah memenuhi kriteria standar yaitu pada kisaran 1,8 – 2.0, namun pengujian pada pembacaan A260/A230 masih belum memenuhi kriteria standar yang seharusnya yaitu 2,0 – 2,2. Nilai parameter ini menunjukkan keberadaan kontaminan DNA yang dapat berupa residu fenol, guanidine, dan reagen lainnya yang digunakan dalam protokol ekstraksi. Selain itu, sampel seperti susu kambing diduga mengandung sejumlah matriks pangan lipid yang bisa menjadi salah satu sumber kontaminan dalam DNA.